I få tilfeller lykkes man ikke av ulike årsaker i å få tatt knekken på betennelsen ved en rotfylling. Årsaken til dette kan være at bakteriene er av en sådan art at de kan være motstandsdyktige mot vår behandling, anatomien av tannen gjør det vanskelig å komme til bakteriene, bakteriene kan sitte på utsiden av tannroten eller andre grunner. I disse tilfelle vil man velge å utføre et lite kirurgisk inngrep, hvor man fjerner rotspissen og forsegler rotkanalen fra rotspissen. Før et evt kirurgisk inngrep vil man i de fleste tilfeller forsøke om man kan bli kvitt betennelsen med en omgjøring av rotfyllingen.